脑脊髓炎多数情况下属于严重疾病。病情严重程度与感染类型、免疫状态、治疗时机等因素有关，轻者可表现为头痛发热，重者可出现瘫痪、昏迷甚至死亡。
病毒性脑脊髓炎相对较轻，细菌性或结核性感染往往更严重。单纯疱疹病毒性脑炎若未及时治疗，死亡率可达七成。
免疫功能低下者如艾滋病患者、长期使用免疫抑制剂者，感染后病情进展更快，预后更差。儿童和老年人免疫应答较弱，风险更高。
发病72小时内接受足量抗病毒或抗生素治疗可显著改善预后。延误治疗可能导致不可逆的神经损伤，遗留癫痫、智力障碍等后遗症。
病变累及脑干、延髓等生命中枢时危险性剧增，可能出现呼吸衰竭。脊髓广泛受累时可导致截瘫、大小便失禁等严重功能障碍。
出现发热伴神经系统症状时应立即就医，治疗期间需保证营养摄入，康复阶段可进行肢体功能训练促进神经修复。
