脑脊髓炎多数可以治愈，治疗效果与病因、病情严重程度、治疗时机等因素密切相关，主要治疗方式包括抗感染治疗、免疫调节、对症支持、康复训练等。
病毒或细菌感染引起的脑脊髓炎需针对性使用抗病毒药物如阿昔洛韦、更昔洛韦，或抗生素如头孢曲松、万古霉素，早期干预可显著改善预后。
自身免疫性脑脊髓炎需采用糖皮质激素冲击治疗，严重病例可联合免疫球蛋白静脉注射或血浆置换，抑制异常免疫反应。
针对高热使用退热药布洛芬，抽搐发作采用地西泮控制，颅内压增高时应用甘露醇脱水，维持水电解质平衡。
遗留运动障碍或认知功能障碍患者需进行肢体功能锻炼、言语训练、作业疗法等系统康复，促进神经功能重塑。
急性期后需定期复查脑脊液和影像学，避免劳累和感染诱发复发，均衡补充优质蛋白和B族维生素有助于神经修复。
