脑干梗死多数情况下不建议手术，急性期3-7天内最危险。脑干梗死处理方式主要有药物治疗、生命支持、康复治疗、血管内介入治疗。
脑干梗死急性期需使用阿替普酶溶栓治疗，配合阿司匹林抗血小板聚集、依达拉奉清除自由基，同时控制血压血糖等基础疾病。
重症患者可能出现呼吸循环衰竭，需气管插管机械通气，维持血氧饱和度，必要时使用多巴胺维持血压，预防多器官功能衰竭。
病情稳定后尽早开始吞咽功能训练、肢体康复锻炼，改善后循环缺血导致的共济失调、构音障碍等神经功能缺损症状。
部分基底动脉闭塞患者可在时间窗内行血管内取栓治疗，但需严格评估手术指征，术后需密切监测再灌注损伤和出血转化风险。
脑干梗死患者需长期服用二级预防药物，控制高危因素，定期复查头颅影像学评估病情变化，康复期可配合针灸等中医治疗改善预后。
