土豆发芽后通常不建议食用，即使去掉芽眼仍可能残留毒素。发芽土豆可能含有龙葵碱等有害物质，即使切除发芽部分也无法完全去除风险。
土豆发芽后会产生龙葵碱，这种毒素主要集中在芽眼及周围组织，但可能已扩散至整个块茎。龙葵碱耐高温，普通烹饪无法完全破坏其毒性。食用后可能出现口腔麻木、恶心呕吐等中毒症状，严重时可导致呼吸困难。新鲜完好的土豆龙葵碱含量极低，但发芽后含量可增加数十倍。轻微发芽的土豆若芽眼较少且未变绿，切除芽眼及周围2厘米厚度的组织后，剩余部分经充分加热可降低风险。
若土豆发芽严重或表皮变绿，表明龙葵碱已广泛分布，此时即使彻底挖除芽眼仍不安全。变绿的土豆叶绿素与龙葵碱合成相关，表皮发绿面积超过三分之一时应整颗丢弃。储存不当导致土豆皱缩脱水时，内部龙葵碱浓度会更高。儿童、孕妇及消化功能较弱者更需避免食用发芽土豆，这类人群对毒素的耐受性较低。
建议将土豆存放在阴凉通风处避免发芽，已发芽的土豆最好丢弃。购买时选择表皮完整无芽眼的土豆，少量多次购买以减少储存时间。若误食发芽土豆后出现舌头发麻等不适，应立即就医处理。日常可通过低温冷藏或与苹果共储延缓发芽，但不宜长期存放。
