寿司的最大问题是生食海鲜可能携带寄生虫和致病微生物，存在食源性感染风险。
生鱼片、贝类等未经充分加热的海鲜可能含有异尖线虫、副溶血弧菌等病原体。异尖线虫感染后可能引发剧烈腹痛、呕吐等症状，严重时导致肠穿孔。副溶血弧菌可引发急性胃肠炎，表现为水样腹泻和腹部绞痛。部分深海鱼类如金枪鱼、鲣鱼可能蓄积甲基汞等重金属，长期过量摄入会影响神经系统发育。寿司米饭中添加的醋和糖可能对糖尿病患者血糖控制不利，过量食用高糖分寿司可能增加肥胖风险。紫菜卷类寿司的钠含量较高，高血压患者需注意摄入量。
选择正规餐饮场所可降低食品安全风险，确保海鲜经过专业冷冻处理。孕妇、儿童、老年人及免疫力低下者应尽量避免食用生冷寿司。食用后可观察是否出现腹痛、腹泻等不适症状，搭配芥末、姜片有一定抑菌作用但不可完全依赖。建议将寿司作为偶尔食用的特色餐品，日常饮食仍以熟食和均衡营养为主。
