食用未充分烹煮的木耳可能导致中毒，主要表现为胃肠不适、恶心呕吐等症状。未熟木耳可能含有米酵菌酸等毒素，高温烹煮可有效破坏毒素。
新鲜木耳含天然光敏物质卟啉类，未煮熟时可能刺激消化道。建议充分焯水后凉拌或爆炒，出现口唇麻木需立即就医。
泡发过程中易滋生椰毒假单胞菌，产生耐高温的米酵菌酸。发现木耳发黏有异味应丢弃，儿童食用后腹泻建议家长及时送医。
木耳膳食纤维未软化会加重胃肠负担。老年人群出现腹胀腹痛时可使用蒙脱石散、双歧杆菌三联活菌等药物缓解症状。
少数人对木耳蛋白过敏，表现为皮肤瘙痒或呼吸困难。既往过敏史者应避免食用，必要时备妥西替利嗪等抗组胺药物。
木耳需冷水泡发不超过2小时，沸水煮制15分钟以上，避免与高草酸食物同食。出现持续呕吐或意识模糊须急诊处理。
