甲硝唑主要用于治疗厌氧菌感染、滴虫病、阿米巴病及部分寄生虫感染，具有抗菌、抗原虫作用，常见剂型包括片剂、栓剂和注射液。
甲硝唑对脆弱拟杆菌等厌氧菌有强效杀菌作用，适用于腹腔感染、盆腔炎等，可配合头孢类抗生素使用。
作为滴虫病首选药物，能杀灭阴道毛滴虫，常用栓剂局部给药或口服片剂全身治疗，配偶需同步用药。
对溶组织内阿米巴滋养体有杀灭效果，治疗急性阿米巴痢疾时需联合肠道吸收差的巴龙霉素。
针对儿童蓝氏贾第鞭毛虫感染，短程小剂量用药即可见效，家长需注意患儿用药后尿液可能呈棕红色。
使用甲硝唑期间禁止饮酒，妊娠早期禁用，治疗阴道感染时建议穿透气棉质内裤并避免性生活。
