菠萝的酵素主要有促进消化、抗炎消肿、缓解关节疼痛、辅助伤口愈合等功效。菠萝酵素是菠萝蛋白酶等多种活性物质的统称，具有独特的生物活性作用。
菠萝蛋白酶能分解蛋白质为小分子肽和氨基酸，帮助胃肠消化吸收。对于消化不良人群，适量食用菠萝有助于改善餐后腹胀症状。
菠萝蛋白酶可抑制炎症介质释放，减轻组织水肿。临床常用于缓解运动损伤后的局部肿胀，也可作为牙科手术后的辅助治疗。
该酶能分解关节腔内的纤维蛋白沉积，改善骨关节炎患者的关节僵硬症状。但需注意不能替代抗炎药物治疗。
菠萝蛋白酶可清除坏死组织，促进肉芽生长。烧伤科常用其提取物配制外用药膏，加速创面清洁过程。
新鲜菠萝中的酵素含量有限，如需治疗剂量建议在医生指导下使用提纯制剂。胃肠溃疡患者及过敏体质者应慎用。
