小儿脑炎可能有后遗症，但多数患儿经及时规范治疗后预后良好。后遗症的发生与脑炎类型、病情严重程度、治疗时机等因素相关。
病毒性脑炎是小儿脑炎中最常见的类型，若早期发现并积极治疗，通常不会遗留明显后遗症。细菌性脑炎或结核性脑炎等重症感染，可能因脑实质损伤导致运动障碍、智力发育迟缓或癫痫发作。部分患儿在急性期后可能出现注意力不集中、学习能力下降等轻微认知功能障碍，这些症状往往随着康复训练逐渐改善。
少数重症患儿可能出现永久性神经系统损害，包括肢体瘫痪、语言障碍或视听功能受损。新生儿期发生的脑炎后遗症风险较高，可能与血脑屏障发育不完善有关。某些特殊病原体感染如单纯疱疹病毒性脑炎，更易造成颞叶损伤而导致长期记忆障碍。
脑炎康复期应定期进行神经系统评估，包括运动功能、智力发育和脑电图检查。建议家长密切观察患儿的行为变化，及时开展物理治疗、作业治疗等康复训练。保证充足营养摄入，适当补充维生素B族和Omega-3脂肪酸，避免剧烈运动或过度疲劳。若出现异常症状应及时复查，必要时进行神经心理干预。
