藿香正气水可以缓解部分原因引起的腹泻，主要适用于外感风寒、内伤湿滞导致的胃肠型感冒或轻度急性胃肠炎，但对细菌性痢疾等感染性腹泻无效。
外感风寒合并胃肠湿滞引起的腹泻，可表现为水样便伴畏寒头痛。藿香正气水含广藿香等成分能解表化湿，但须排除感染因素。
饮食不洁或生冷刺激导致的非感染性腹泻，可能出现腹胀肠鸣。该药通过调节胃肠蠕动缓解症状，严重脱水需配合口服补液盐。
细菌或病毒引起的感染性腹泻通常伴随发热、脓血便。此时需用诺氟沙星、蒙脱石散等药物，藿香正气水不能替代抗感染治疗。
溃疡性结肠炎等慢性腹泻需美沙拉嗪等特异性药物，藿香正气水仅能暂时缓解部分症状，不能控制病情进展。
使用前需明确腹泻病因，儿童、孕妇及酒精过敏者慎用，出现持续发热或血便应及时就医。
