蛛网膜囊肿手术风险多数处于可控范围，主要风险包括术中出血、感染、脑脊液漏、神经功能损伤等。
手术过程中可能损伤血管导致出血，少量出血可通过电凝止血处理，大量出血需输血或二次手术干预。
开颅手术存在切口或颅内感染概率，术后需预防性使用抗生素如头孢曲松、万古霉素等降低感染概率。
囊肿切除后可能出现硬脑膜闭合不全，导致脑脊液鼻漏或切口渗液，严重时需行腰大池引流或修补手术。
囊肿毗邻重要神经结构时，可能引发暂时性或永久性功能障碍，如癫痫、偏瘫等，需联合神经电生理监测降低风险。
术后需定期复查头颅MRI监测囊肿复发情况，避免剧烈运动及头部撞击，出现头痛呕吐等症状应及时就医。
