全身性念珠菌病可通过抗真菌药物治疗、基础疾病控制、免疫支持及手术清创等方式治疗，通常由长期广谱抗生素使用、免疫抑制状态、导管留置或糖尿病等因素引起。
1、抗真菌药物氟康唑、卡泊芬净、两性霉素B是常用抗真菌药物，适用于不同严重程度的感染。氟康唑对多数念珠菌敏感，卡泊芬净用于耐药菌株，两性霉素B适用于危重感染。
2、基础病控制需积极控制糖尿病、HIV等基础疾病。高血糖环境易促进念珠菌生长，HIV患者CD4细胞计数降低会增加深部真菌感染风险。
3、免疫调节对于粒细胞缺乏或移植后患者，可能需要粒细胞集落刺激因子。免疫抑制剂使用者需评估用药方案调整可能性。
4、感染灶处理深部脓肿或感染性心内膜炎可能需手术引流或瓣膜置换。导管相关感染须立即拔除导管并行尖端培养。
治疗期间需监测肝肾功能及药物浓度，保持皮肤清洁干燥，避免长期潮湿环境，糖尿病患者应严格控制血糖水平。
