传染性软疣的药物治疗主要包括水杨酸软膏、咪喹莫特乳膏、鬼臼毒素酊、干扰素凝胶等，需在医生指导下根据皮损情况选择使用。
1、水杨酸软膏通过角质剥脱作用破坏疣体，适用于较厚的皮损，可能引起局部刺激或脱屑，用药期间需避免接触正常皮肤。
2、咪喹莫特乳膏免疫调节剂可诱导局部细胞因子产生，促进疣体消退，常见不良反应为红斑和瘙痒，孕妇禁用。
3、鬼臼毒素酊细胞毒性药物能抑制疣体细胞分裂，使用后可能出现灼痛或糜烂，需精确涂抹于疣体表面。
4、干扰素凝胶具有抗病毒和免疫增强作用，适用于多发或顽固性皮损，可能出现流感样症状等全身反应。
治疗期间应保持皮损清洁干燥，避免搔抓导致自体接种，合并细菌感染时需配合抗生素治疗。
