双歧杆菌三联活菌散副作用主要包括轻微胃肠不适、过敏反应、菌群失调及罕见感染风险。该药物作为益生菌制剂，不良反应通常较轻微且可逆。
1、胃肠不适部分患者可能出现腹胀、腹泻或便秘，多与初次服用时肠道菌群调整有关。建议减量或饭后服用，症状持续需停药。
2、过敏反应极少数对乳制品过敏者可能出现皮疹、瘙痒等过敏症状。应立即停用并就医，必要时使用氯雷他定等抗组胺药物。
3、菌群失调长期过量使用可能破坏原有菌群平衡。需严格遵医嘱控制疗程，可配合布拉氏酵母菌散调节。
4、感染风险免疫功能低下者存在理论上的菌血症风险。严重免疫缺陷患者禁用，必要时需监测血常规。
服用期间避免与抗生素同服，注意观察排便变化。若出现持续腹痛、发热等严重症状应及时就医评估。
