婴儿骨皮质增生症预后多数良好，通常2-3个月内自愈，少数可能遗留轻度骨骼畸形。预后差异主要与发病年龄、累及范围、治疗干预时机等因素相关。
1、发病年龄6月龄前发病者预后更佳，骨膜反应多在数周内消退；超过1岁发病可能延长恢复期。
2、累及范围单骨受累者恢复更快，多发性骨病变可能需3-6个月完全吸收，下颌骨受累时易伴软组织肿胀迁延。
3、治疗干预非甾体抗炎药可缩短发热和疼痛周期，严重病例需短期糖皮质激素治疗，但均不影响最终骨皮质重塑。
4、随访监测建议每4-8周复查X线直至骨膜反应消失，持续超过9个月需排查恶性肿瘤等鉴别诊断。
患儿恢复期应保证充足钙质摄入，避免患肢过度负重，定期监测碱性磷酸酶水平及骨骼发育状况。
