先天性小眼球虹膜缺损的治疗效果与缺损程度有关，轻度缺损可通过光学矫正改善视力，严重者需手术修复或植入人工虹膜，多数患者经规范治疗可获得功能性视力。
1、光学矫正：轻度虹膜缺损可佩戴有色接触镜或特殊眼镜减少畏光，改善视觉质量，需定期复查视力变化。
2、药物治疗：合并青光眼时需使用降眼压药物如布林佐胺滴眼液、拉坦前列素滴眼液，炎症反应可短期使用妥布霉素地塞米松滴眼液。
3、手术修复：严重缺损可采用虹膜成形术缝合缺损边缘，或植入定制人工虹膜假体，手术需在全身麻醉下进行。
4、联合治疗：合并白内障或角膜混浊者需联合超声乳化术、角膜移植等，术后需长期随访观察眼压及眼底情况。
建议出生后尽早至眼科专科评估，婴幼儿需家长注意避免强光刺激，定期进行视力筛查和屈光矫正。
