牛黄解毒丸可能引起胃肠不适、过敏反应、肝肾功能异常、电解质紊乱等副作用。该药物含雄黄等成分，长期或过量使用可能导致蓄积性中毒。
牛黄解毒丸中的冰片、大黄等成分可能刺激胃肠黏膜，引发恶心呕吐或腹泻。出现症状时应停药，可遵医嘱使用蒙脱石散、双歧杆菌三联活菌胶囊等药物调节胃肠功能。
部分患者对人工牛黄、黄芩等成分过敏，表现为皮疹或呼吸困难。需立即停药并就医，必要时使用氯雷他定片、盐酸西替利嗪片等抗组胺药物。
雄黄中的砷化合物经肝脏代谢，长期服用可能升高转氨酶。用药期间应监测肝肾功能，异常时需停用并配合护肝片、复方甘草酸苷片等保肝治疗。
大黄的蒽醌类成分可能导致钾离子丢失，引发乏力心悸。须避免长期连续服用，出现症状时可遵医嘱补充氯化钾缓释片等电解质调节剂。
该药物不宜超过3天连续使用，孕妇及肝肾功能不全者禁用，服药期间出现严重不良反应需立即就医并携带药品说明书。
