真菌性肠炎可通过粪便真菌培养、肠镜检查、血清学检测、组织病理学检查等方式确诊。
1、粪便真菌培养采集新鲜粪便样本进行真菌培养，若检出白色念珠菌等致病真菌可辅助诊断，需结合临床表现判断。
2、肠镜检查结肠镜下可见肠黏膜充血糜烂伴白色伪膜形成，活检组织可进行真菌染色及培养，是确诊的重要依据。
3、血清学检测检测血液中真菌细胞壁成分或抗体，如β-D葡聚糖试验、甘露聚糖抗原检测，适用于深部真菌感染筛查。
4、组织病理学肠黏膜活检标本经特殊染色发现真菌菌丝或孢子，可明确组织侵袭性感染，需与细菌性肠炎鉴别。
确诊后需规范抗真菌治疗，避免长期使用广谱抗生素，免疫功能低下者应定期监测肠道菌群。
