肛门囊肿多数情况下无须手术，可通过药物治疗、热敷坐浴、抗生素治疗、穿刺抽液等方式处理。手术干预仅适用于囊肿感染化脓、反复发作或体积过大压迫周围组织的情况。
1、药物治疗早期无症状的肛门囊肿可外用莫匹罗星软膏、红霉素软膏等抗生素药膏，配合口服头孢克肟、阿莫西林等药物控制局部炎症。
2、热敷坐浴每日用40℃温水坐浴可促进局部血液循环，帮助囊肿吸收消退，建议每次15分钟，每日重复进行。
3、抗生素治疗合并细菌感染时需静脉注射头孢曲松、左氧氟沙星等广谱抗生素，通常伴随红肿热痛症状，治疗期间需监测体温变化。
4、穿刺抽液对于张力较大的囊肿可在无菌操作下穿刺引流，术后需加压包扎并预防性使用克拉霉素等抗生素防止继发感染。
日常需保持会阴清洁干燥，避免久坐及辛辣饮食，若出现持续发热或囊肿破溃渗液应及时就医评估手术必要性。
