治疗卵巢囊肿用药需根据其大小、位置，还有患者是否有生育要求来选择的。良性、无回声、四公分以下较小的囊肿，可用中药配合口服桂枝茯苓胶囊、止痛化癥胶囊等中成药治疗。若是黄体囊肿，通常需要观察2到3个周期，如果卵巢囊肿一直有，B超提示为细密点状回声，或低无回声的囊肿，则可能是卵巢巧囊。除了中药外，还建议患者手术治疗卵巢巧囊。四至六公分的囊肿，甚至造成严重的盆腔粘连、子宫内膜异位症等，且影响患者生育，才建议做宫腹腔镜、宫腔镜，否则还是药物治疗好，因为一旦巧囊拨除不好，会影响卵巢的上皮功能，反而导致不孕。
