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腹泻会引起一些并发症的：
脱水可以是轻度(≤病例的5％)，仅表现为口腔粘膜干燥;中度脱水(病例的7％~10％)，可表现为皮肤弹性下降，眼眶和囟门凹陷;重度脱水(≥病例的10％)，常伴有低血容量性休克。由于新生儿肾脏浓缩机制尚不成熟，通常直至脱水的晚期才表现出少尿。
电解质紊乱和代谢性酸中毒可导致行为异常(如嗜睡或激惹)或其他少见的并发症(如心律失常，颅内出血和肾静脉栓塞)。
可发生继发于由肠道病原体或正常肠道菌丛引起的胃肠炎(如沙门菌，志贺菌或空肠弯曲菌)的菌血症，而且可引起败血症或局部感染。败血症的症状通常很轻微和无特异性。
坏死性小肠结肠炎也是细菌性或病毒性胃肠炎的并发症之一。
