治疗男性尖锐湿疣通常会使用抗病毒类、提高免疫力类的药物以及干扰素凝胶或中药等外用药。男性这个疾病好发于尿道口尿道内，龟头包皮、阴茎、阴茎根部以及肛周、肛内等部位，对于这些部位治疗方式是不一样的。使用外用药针对暴露在外的位置是比较方便的可以去除疣体。同时要使用药物预防复发，肛内也可以使用。尿道口、尿道内因为皮肤粘膜比较容易受损，只能用干扰素凝胶等这些外用药。治疗效果也是因人而异。这些特殊部位不仅要使用外用药，同时还要进一步的做其他治疗，需要进行光动力治疗。尖锐湿疣治疗过程中，出现反复发作的需要进行局部的提高免疫力或抗病毒治疗，配合中药，可以外洗或是外泡，也能来预防复发。
