多数脑炎患者经规范治疗可治愈，部分可能遗留后遗症。脑炎预后与病毒类型、治疗时机、基础疾病等因素相关，常见后遗症包括认知障碍、运动功能障碍、癫痫等。
1、病毒类型：
乙型脑炎等部分病毒性脑炎可能损伤神经元，遗留记忆力减退或语言障碍。早期抗病毒治疗可降低后遗症风险，如阿昔洛韦对单纯疱疹病毒性脑炎效果显著。
2、治疗时机：
发病72小时内接受免疫调节治疗可减少脑组织损伤。延误治疗可能导致基底节区永久性病变，表现为肢体震颤或肌张力异常。
3、炎症程度：
重症脑炎伴脑水肿者易出现脑实质损害。腰穿显示脑脊液压力超过300毫米水柱时，30％患者可能遗留视神经萎缩或听力下降。
4、年龄因素：
儿童中枢神经系统代偿能力强于成人，但婴幼儿脑炎可能影响智力发育。老年患者合并脑血管病变时，偏瘫发生率提高40％。
5、康复干预：
早期进行高压氧治疗可改善脑缺氧，配合运动疗法能恢复60％运动功能。认知训练对额叶损伤导致的执行功能障碍有效。
急性期后需持续监测脑电图异常放电，避免诱发癫痫。饮食建议增加深海鱼类和坚果摄入，其富含的ω-3脂肪酸促进神经修复。每日30分钟有氧运动配合手指精细动作训练，有助于神经网络重建。睡眠周期紊乱者可通过褪黑素调节昼夜节律，但需在神经科医师指导下使用。定期进行蒙特利尔认知评估可及时发现功能衰退。
