一般治疗包括高浓度氧强化心脏、镇静、抗休克、纠正心律失常、应用支气管和肺血管扩张剂、激素等。肝素化主要是为了预防继发性血栓形成，通常在发病后一个月内复发。一旦确诊，立即开始肝素治疗。对于大面积栓塞，第一剂量肝素为10000U，然后持续静脉滴注肝素为1000U/小时。
溶栓可用来水解构成血栓的纤维蛋白，但在肺栓塞后2-3天效果较差。链激酶或尿激酶可延长凝血酶时间2-3倍于正常。必须给予肝素以防止溶栓后血栓形成。开胸术后溶栓无效，必须熟练快速地处理，体外循环可减轻右心负荷，改善动脉灌注。肺血管切开和血栓切除术
