卵巢囊肿是否影响生育取决于囊肿的性质、大小及位置，如单纯囊肿，且不太大，通常不影响生育亦无需处理。如囊肿较大或双侧，有可能妨碍输卵管的拾卵，故可影响受孕，此种可考虑手术剥除，但应注意到术后粘连亦可致不育，故术前应权衡其对生育的影响，最后经过一定时间的观察和治疗再决定手术。如为巧克力囊肿，可按巧克力囊肿处理，必要时可行腹腔镜下手术或开刀手术，其怀孕率在50％～70％之间，总之，卵巢囊肿影响生育但并非一定不育，经适当治疗后可提高其受孕机会。
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