因疾病致消化系统功能减退，如种种消化腺分泌减少，胃肠道功能降低，影响食物的消化和营养的吸收，导致腹泻。
由疾病引起的腹泻，胃肠道充血，如结肠炎、痢疾、消化道的各种癌症、甲状腺机能亢进等均可引起病人的慢性腹泻。慢性细菌性痢疾的大便外观多为黏液性、脓血样，也有糊样或水泻样，镜检可见白细胞。大便培养出痢疾杆菌可明确病原诊断，多次大便培养可提高阳性率。慢性结肠炎的大便有黏液或脓血样成分。钡剂灌肠造影可见结肠狭窄、痉挛、僵硬等病变。纤维结肠镜检查可发现肠壁充血、水肿、溃疡、糜烂，或息肉形成。肠道易激综合征大便除黏液外，一般无脓血便，多次大便检查正常，X线钡灌肠造影及纤维结肠镜检均无器质性病变证据。该病是一种是结肠功能失调性疾病，与精神和情绪改变有关。慢性腹泻是结肠直肠癌的常见症状之一，病人出现长期腹泻时，一定要警惕肠癌的可能性。
