约2/3发生坏死性小肠结肠炎的新生儿存活，通过积极的支持治疗和慎重及时的外科干预可改善预后。约70％病例需要非外科手术性治疗，如果怀疑坏死性小肠结肠炎应立即禁食，用连接吸引器的双腔鼻胃管来减轻肠道积气，适当的肠外胶体和晶体液体输注以维持循环，因为广泛的肠道炎症和腹膜炎可导致第三间隙相当多的液体丧失。在肠道修复的同时，需要全肠道外营养14~21日。应立即全身应用抗生素，包括β-内酰胺酶抗生素(氨苄青霉素，羧噻吩青霉素)和氨基糖苷类药物。另外也应考虑抗厌氧菌药物(如氯林克霉素，甲硝唑)的应用。治疗须持续10日。最重要的是需要不断重新评估婴儿(如至少6小时1次)和连续的腹部X线检查，全血细胞计数，血小板计数和血气分析。
