(1) 抗感染药：水杨酰偶氮磺胺吡啶对治疗各部结肠炎，防止并发症有较好疗效。有的引起恶心、呕吐、头痛、皮疹、粒细胞减少、贫血和肝功能不良。如不见效和有不良反应，可改用甲硝哒唑。新霉素和酞磺噻唑也有效用。
(2) 激素治疗：肾上腺皮质激素、氢可的松和强的松可改进全身状况，使病程缓解，排粪次数减少，复发症状减轻和食欲增加。但也有的病人效果不好，并可使溃疡穿孔，出血和愈合缓慢。现在认为应用范围较小，对于急性暴发性或早期发作严重的病人可使症状明显减轻，病情好转;对于长期反复发作的效果并不满意;促皮质激素单位溶于葡萄糖溶液，静脉滴注，症状改进后改用肌肉注射。氢可的松静脉注射，症状缓解后逐渐减量，可给药。皮质激素对缓解症状比可的松效用较好，但维持缓解的效用不如可的松。这种治疗如症状无改进，不应继续超过2周。
(3) 免疫抑制药：硫唑嘌呤，每日1次，可改变病的进程，抑制临床表现，但不能改变基础病，常用于静止期减少复发，也可能中毒，应加注意。6硫基嘌呤(6-MP)与激素合用可减轻症状。
(4) 止泻药：可减少排粪次数，减轻腹痛，常用复方苯乙哌啶、可待因和复方樟脑酊。止泻药物对急性发作的溃疡性结肠炎可能引起中毒性巨结肠，应慎重使用。也可给镇静药物和解痉药物。
(5)保留灌肠：常用于直肠和乙状结肠炎，可减轻症状，促使溃疡愈合。
(6)中药治疗： 建议：对慢性结肠炎长期患者或愿意反反复复的患者，建议可以用中药进行治疗，同时注意一下饮食习惯。
