新生儿结膜炎可能自愈，但需根据病因决定。细菌性或病毒性结膜炎通常需要医疗干预，轻微刺激或泪管堵塞可能自行缓解。建议及时就医明确病因。
由环境刺激或泪管发育不全引起的新生儿结膜炎，表现为轻微眼红、少量分泌物，保持眼部清洁后可能逐渐好转。每日用温水浸湿棉球从内向外擦拭眼睑，避免揉眼。若症状持续超过3天或加重，需排除感染因素。
细菌性结膜炎常见金黄色葡萄球菌或衣原体感染，伴随黄绿色脓性分泌物、眼睑肿胀。病毒性结膜炎多由腺病毒引起，分泌物呈水样且常伴感冒症状。这两种类型须使用抗生素滴眼液如妥布霉素滴眼液、左氧氟沙星滴眼液，或抗病毒药物如更昔洛韦眼用凝胶。未及时治疗可能引发角膜感染。
新生儿免疫系统脆弱，结膜炎可能发展为全身感染。家长发现患儿出现发热、拒奶、分泌物增多或结膜出血时，应立即就诊。日常护理需单独使用毛巾，接触婴儿前后洗手。母乳喂养者可咨询医生后用无菌棉签蘸取少量母乳涂抹眼周，其乳铁蛋白有助抑制细菌。
