多器官功能障碍综合征可导致呼吸衰竭、循环衰竭、肝肾功能衰竭等多系统损害，严重时可危及生命。多器官功能障碍综合征的危害主要有器官功能进行性恶化、继发感染风险增加、治疗难度显著提升、病死率升高、长期预后不良等。
多器官功能障碍综合征会引发序贯性器官功能损伤，常见肺脏最先受累出现急性呼吸窘迫综合征，继而肝脏合成功能下降导致凝血障碍，肾脏滤过功能受损引发少尿或无尿。这种多米诺骨牌效应使得单个器官衰竭迅速波及其他系统，临床需持续进行器官功能支持治疗。
肠道屏障功能破坏后细菌易位可诱发脓毒症，同时免疫系统功能抑制会增加真菌感染概率。患者可能反复出现耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌血流感染、侵袭性曲霉菌病等机会性感染，需联合使用注射用美罗培南、伏立康唑片等广谱抗微生物药物。
多器官支持治疗存在相互矛盾，如血液净化需要抗凝但合并消化道出血需止血，机械通气正压会影响心输出量。临床常需平衡连续性肾脏替代治疗剂量与血管活性药物用量，使用注射用盐酸多巴酚丁胺维持循环时需同步调整呼吸机参数。
伴随受累器官数量增加，病死率呈指数级上升。两个器官衰竭时病死率约30-40％，四个器官衰竭时超过80％。心血管系统与中枢神经系统同时受累预后最差，需紧急实施体外膜肺氧合等高级生命支持手段。
存活患者中超过50％存在认知功能障碍或肢体活动受限，部分需长期进行康复训练。肝肾功能不全患者可能发展为慢性疾病，需持续服用复方α-酮酸片改善氮质血症，使用促红细胞生成素注射液纠正肾性贫血。
多器官功能障碍综合征患者应严格遵循重症监护方案，营养支持建议采用低热卡渐进式肠内营养，使用整蛋白型肠内营养混悬液时需监测胃潴留量。康复期需定期评估心肺功能，进行床上脚踏车训练等循序渐进的运动康复。家属需注意观察意识状态变化，记录每日出入量数据供医疗团队评估。
