到目前为止，尚无彻底治愈生殖器疱疹的方法，也不能从跟本上解决其复发问题，生殖器疱疹的治疗也仅是预防复发、减轻患者临床症状，缩短病程，促进皮损尽快愈合，同时预防并发症，减少病毒排放，减轻疾病的传染性。
为减少生殖器疱疹的复发次数，首先要做的就是接受正规的治疗，对于复发者，宜在出现前驱症状或病损出现24小时内开始治疗。
为减少复发次数，美国疾病控制与预防中心推荐采用抑制疗法，即每天2次阿昔洛韦，每次0.4g;或者伐昔洛韦每天1次，每次0.5g(复发小于每年10次);或伐昔洛韦每天1次，每次1g(复发每年超过10次，包括10次);或泛昔洛韦每天2次，每次0.25g，以上药物均需服用半年以上。
此外，需要减少复发的诱因，如避免发烧、劳累、熬夜、受寒、长期紧张、焦虑，治疗其他免疫缺陷或不全的疾病