对于丙肝病毒阳性者能否进行移植是个热门的问题。为此每个移植中心都各执一词。临床上患者的选择标准及器官移植的类型都具有争议。
由于丙肝病毒感染失代期肝硬化是肝移植的一个常见适应证。但在肝移植中，丙肝病毒感染的复发率很高，而且可能使移植肝发展成肝硬化尽管如此，与其他移植器官相比较，肝移植的生存率仍然是很高的。
在肾脏移植中，因艾滋病毒感染导致肝功能衰竭常常是移植存活者的一个主要死因。丙型肝炎病毒还可能与膜增生性肾小球
肾炎
的发展相关，常最终导致移植物丧失功能。若活检中发现
肝硬化，则不主张肾移植。
肾移植合并HCV感染患者不提倡用INF-2，因为有增加潜在的移植物功能不良及移植物效果不佳的危险。