根据病因，再生障碍性贫血有先天和后天获得性两大类。
先天性再生障碍性贫血的病因，至今不明。临床上患者多在1岁之内发病，多数有家族史，可能与胎儿时期受某些影响发育的因素有关。症状除有全血细胞减少外，同时多并发畸形、智力低下、发育停滞，约占2.5%，治疗与后天获得性再障相同。
后天获得性再生障碍性贫血，根据病因也可分为两种。一种属原因不明者，叫做“原发性再障”，约占70.3%。实际上这类再障的原因可能被忽视或尚未被认识。另一种属能查明原因者，叫做“继发性再障”，约占16.9%。随着对病因的重视和深入的调查，逐渐发现更多的致病因素，因此继发性再障已有明显增加。