生殖器疱疹为易复发疾病，尚无彻底治愈方法。治疗目的是减轻症状，缩短病程，减少HSV排放，控制其传染性。抗病毒治疗以全身抗病毒药物为主。
1.原发性生殖器疱疹
阿昔洛韦400mg，每日3次，口服，连用7～10日；阿昔洛韦200mg，每日5次，口服，连用7～10日或伐昔洛韦300mg，每日2次，口服，连用7～10日；或泛昔洛韦250mg，每日3次，口服，连用5～10日。
2.复发性生殖器疱疹
最好在出现前驱症状或皮损出现24小时内开始治疗。阿昔洛韦400mg，每日3次，连服5日；或阿昔洛韦800mg，每日2次，连服5日；阿昔洛韦800mg，每日3次，连服2日；或泛昔洛韦125mg，每日2次，连服5日。