目前一般认为生殖器疱疹是一种复发性的终生性疾病，由于单纯疱疹病毒在感染生殖器皮肤黏膜后，可感染感觉或自主神经末梢，潜伏在骶神经节形成潜伏感染，潜伏的病毒受一些因素影响而复活，导致疱疹复发。生殖器疱疹患者、亚临床或无症状排毒者及不典型生殖器疱疹患者都是传染源，有水疱期的传染性极强，单纯疱疹病毒感染往往是全身性的，可存在于皮损、渗液、精液、前列腺液、宫颈及阴道的分泌物中，主要通过性接触传播。有研究表明临床发作与无症状感染者的分泌物中均发现疱疹病毒，而且在疾病的无症状期，病毒的出现机率是相同的，潜在传染性也是一样的。因此，生殖器疱疹皮损完全消退后还有传染性，只不过传染性相对减弱了。