尿道舟状窝黏膜为鳞状上皮，所以是尖锐湿疣的好发部位，偶有尿道深部尖锐湿疣的报道。尿道口尖锐湿疣的治疗较为棘手。临床上采用的方法有：0.5%的足叶草酯素酊、激光疗法、冷冻疗法、电灼疗法、手术疗法等，但患者接受治疗时较痛苦，尤其男性尿道口尖锐湿疣，由于部位特殊，对痛觉比较敏感，对医生的临床技能要求较高，并且小便易引起皮损伤口部位潮湿而使治疗后易复发。此外，尿道口不适合多次激光和电灼，易出血
，产生粘连瘢痕，致尿道口狭窄，引起
排尿困难，还有可能感染到尿道深处。
近年的研究显示外用咪喹莫特治疗尿道口
尖锐湿疣，用药方便，患者无明显的局部疼痛，无不良反应，依从性好，复发率低。新近的研究发现光动力疗法治疗疣体不大的
尿道口尖锐湿疣效果好，复发率低，是今后有应用前景的方法。