生殖器疱疹是有单纯疱疹病毒(HSV)感染引起的。HSV有HSV-l和HSV-2两个血清型。生殖器疱疹主要为HSV-2(约占90%)感染。近年来，口-生殖器性行为方式导致HSV-l感染比例明显增加(10%～40%)。HSV存在于皮肤黏膜损害的渗液、精液、前列腺分泌液、宫颈及阴道的分泌物中，主要通过性接触传播。HSV侵入机体后首先在表皮角质形成细胞内复制，引起表皮损伤。当原发性生殖器疱疹的皮损消退后，残留的病毒长期潜存于骶神经节，机体抵抗力降低或某些诱发因素作用下可使潜存病毒再激活，而出现感染复发。