生殖器疱疹的并发症与病毒向局部蔓延和血行播散有关，女性较男性更容易出现并发症。
1.中枢神经系统并发症包括无菌性脑膜炎、自主神经功能障碍、横断性脊髓炎和骶神经根病。疱疹性脑膜炎表现为发热、头痛、呕吐、畏光和颈项强直脑膜炎症状通常出现在生殖器皮损发生后3～12天，经过2～4天发展后症状最明显，此后2～3天症状逐渐减轻。
2.播散性HSV感染包括播散性皮肤感染、疱疹性脑膜炎、肝炎、肺炎、关节炎等。
3.局部感染HSV感染的局部蔓延引起盆腔炎、子宫附件炎、无菌性前列腺炎。
4.合并感染包括念珠菌性阴道炎、皮损局部白念珠菌感染。