生殖器疱疹的治疗方法与单纯疱疹相似，常用药物及用法如下。
1.内用药物治疗阿昔洛韦0.2g，口服，5/d;万乃洛韦0.3g，口服，2/d;伐昔洛韦0.3g，口服，2/d;泛昔洛韦0.25g，口服，3/d，疗程7～10d。复发性生殖器疱疹用阿昔洛韦、伐昔洛韦、泛昔洛韦，连服5d。频繁复发(一年至少6次以上)者，阿昔洛韦0.4g，2/d;伐昔洛韦0.3g，l/d;泛昔洛韦0.125～0.250g，2/d，可连服4～12个月。常复发者可用干扰素、左旋咪唑、转移因子等以增加机体免疫力。继发细菌感染时应加用抗生素。
2.外用药物治疗可用3%阿昔洛韦软膏、1%喷昔洛韦乳膏、酞丁胺霜等。保持患处清洁、干燥。