生殖器疱疹是误诊率较高的疾病。有很多患者仅仅有一点轻度的包皮龟头炎，即被某些别有用心的所谓医生诊断为生殖器疱疹，有一些小门诊部受金钱的驱使，常常误导患者。下面介绍几个需要鉴别诊断的疾病。
(1)龟头包皮炎：潮红、糜烂，但很少出现水疱，可有渗液，包皮水肿不能上翻，有时有脓性分泌物。依据不同的病因可分为外伤性龟头炎、接触性龟头炎、感染性龟头炎、念珠菌性龟头炎、阿米巴性龟头炎、滴虫性龟头炎、浆细胞性龟头炎等。
(2)一期梅毒(硬下疳)：一期梅毒有生殖器糜烂，但在暗视野显微镜下可查到梅毒螺旋体，梅毒血清反应阳性。