慢性肠炎的治疗用药，关健是在组方。大便次数多不一定就用补药，要辨证和辨病相结合，健脾和中和通补通用相结合，既要扶正，又要祛邪，扶正就是治本，祛邪就是要消除炎症。慢性肠炎用药先掌握5个原则。
(1)消炎止痛：
细菌感染，除选用致菌培养有效抗生素外，可选用黄连、元胡止痛片、胃肠灵。病情出现发热、脱水、休克可适当选用抗生素，必要时输液输血或吸氧。
(2)解痉止痛：可食用阿托品或普鲁苯辛。
(3)止泻剂可选用，次碳酸铋以及复方樟脑酊。
(4)精神性腹泻者，可服利眠宁。
(5)中药方面：
①脾虚泄泻，可给予补中益气丸或人参健脾丸。
②肾阳虚衰泄泻，附桂八味丸、或附子理中丸。
③肝气乘脾泄泻，予痛泻要方或逍遥丸服用。