疟疾一般不会遗留后遗症，但是治疗不当会引起脾大、贫血、器官受损等。
1、脾大
疟疾未及时治疗，病情逐渐加重会诱发身体各个器官受到感染，但感染至脾脏时会导致脾脏肿大。
2、贫血
疟原虫可通过血液传播，在血液内大量繁殖后，会破坏血液中血红蛋白，导致血红蛋白数量减少，诱发贫血。
3、器官受损
疟疾对于人体各个器官都会造成不同程度损伤；感染至肾脏可诱发急性肾功能衰竭；感染至肝脏可诱发肝功能失常；感染肠胃道可诱发严重腹泻，导致患者体内水电解质发生紊乱；感染者心脏可诱发心肌炎、心律失常。如果疾病属于脑型疟，患者精神会出现错乱，进一步恶化，有伴有昏迷、定位性脑损害等。