肾囊肿出现早期，积极治疗一般不会有明显后遗症；但若治疗不及时，病情加重可能会引起尿路感染、肾结石、肾内钙化、肾功能衰竭、囊肿癌化等，有一定致命风险。
1、尿路感染
肾囊肿治疗不及时，可能引起多种后遗症，尿路感染是其中一种，一般女性患者更易出现。
2、肾结石和肾内钙化
患病后如果在饮食上不注意，易导致肾结石出现，此时常会伴随剧烈疼痛感，肾绞痛，血尿等。
3、肾功能衰竭
肾囊肿较小时，对身体健康危害不大，但随囊肿不断增大，常影响到肾脏功能，出现尿蛋白、高血压、尿潜血、肾功能不全等，严重时出现肾衰竭、尿毒症，有致命风险。
4、囊肿癌化
肾囊肿治疗不及时，病情加重还可能发生癌变，影响患者生存期。