绝大多数肛周脓肿无法自愈，需要及时治疗。浅表性肛周脓肿可通过口服广谱抗生素、温水坐浴或热敷等保守方法治疗，深部肛周脓肿则需要及时做手术治疗。
肛周脓肿是一种细菌感染性疾病，也是肛瘘前身。如果发病后没有及时进行规范治疗，病情会不断加重，也很容易形成肛瘘。肛周脓肿不能自愈。
肛周脓肿必须治疗才能让病情好转或痊愈。浅表性肛周脓肿可以口服广谱抗生素治疗，再就是进行温水坐浴，也可以用热敷等物理疗法治疗。深部肛周脓肿通常需要手术治疗才能缓解病情，同时适当应用抗生素来预防和控制感染。治疗期间以及治疗后都应该注意饮食，避免吃辛辣刺激性食物。还要保持排便通畅，避免久坐、久站以及久蹲。