非淋菌性尿道炎治疗及时，并不严重。若治疗不当，疾病反复发作会诱发其它并发症，导致男性不育症、异位妊娠等。
1、诱发其它并发症
非淋菌性尿道炎会诱发尿道炎、前列腺炎、输精管炎、宫颈炎，输卵管炎以及阴道炎、盆腔炎等其他生殖炎症反复发作。
2、男性不育症
非淋菌性尿道炎诱发男性其他生殖器官发生炎症，而在局部炎症反复刺激作用下，影精子质量，精子活力下降而诱发男性不育症。
3、异位妊娠
异位妊娠由于非连续性尿道炎有很大关系，局部炎症反复发作，
受精卵无法通过输卵管到达子宫内，
宫外孕等异位妊娠几率会明显提高。即便是正常妊娠，
婴儿也有可能在胚胎内或者是在顺产经过肠道时感染该种致病菌。
