硅胶牙套的上下区分主要通过形状设计、咬合标记和医生指导完成。硅胶牙套上下颌结构通常有特定弧度差异，上颌牙套前牙区覆盖范围较大且内侧可能有凸起定位点，下颌牙套则呈现U形轮廓并与舌侧空间匹配。部分产品会在边缘标注U代表上颌、L代表下颌，或通过颜色标记区分。
硅胶牙套在制作时会根据患者牙模精确成型，上颌牙套前部会延伸至牙龈边缘形成包裹状，下颌牙套后牙区宽度略窄以适应下颌运动。佩戴时可观察牙套内侧的导板沟槽，上颌导板多位于前腭侧，下颌导板则靠近舌系带。错误佩戴可能导致矫正力方向错误，出现牙齿酸痛或矫治器变形。初次使用时建议在镜子前对照牙模照片练习，夜间佩戴前需确认上下颌完全就位。部分品牌会设计不对称卡扣，上下牙套仅能单向嵌合。
若牙套无明显标记，可通过咬合测试判断：正确佩戴时上下牙套咬合面应完全接触无空隙，后牙区会有0.5-1毫米缓冲层。反颌患者需特别注意，其下颌牙套前牙区可能较厚。儿童使用时可教导辨认牙套外侧的品牌logo方向，多数设计为正向阅读时为上颌。矫治期间每次复诊时，正畸医生会用咬合纸检查牙套就位情况，并重新标记调整线。
日常护理应将上下牙套分开放置在专用盒中，避免高温变形导致形态混淆。游泳或运动时建议暂时取下，防止意外吞咽后无法辨别位置。矫正周期超过3个月者，可要求技工室在牙套舌侧激光雕刻UD/LD永久标记。出现严重不适或无法区分时，应立即携带牙套就诊检查，不可自行修整边缘形状。