注射肉毒素可能会引起局部疼痛、肿胀、瘀斑、头痛等不良反应，少数情况下可能出现眼睑下垂、面部表情僵硬、吞咽困难等较严重反应。肉毒素注射属于医疗行为，需由专业医生操作并严格掌握适应症。
注射后常见局部反应包括注射部位轻微疼痛、红肿或淤青，通常1-3天自行消退。部分人可能出现暂时性头痛或肌肉无力感，与药物弥散作用相关。这些反应多属一过性，冷敷可帮助缓解症状。注射后4小时内避免平躺、揉搓治疗部位，能降低不良反应发生概率。
少数情况下可能出现眼睑下垂、复视等神经肌肉传导异常表现，多见于额部除皱注射后。面部不对称或表情僵硬可能与注射剂量、点位偏差有关。吞咽困难、发音障碍等全身反应罕见，但需立即就医处理。过敏反应表现为皮疹、瘙痒时须停药观察。既往有神经肌肉疾病者更易出现不良反应，注射前应详细告知医生病史。
注射后24小时内避免剧烈运动、高温环境及饮酒。选择正规医疗机构和经验丰富的医师操作能显著降低风险。若出现持续头痛、视力改变、呼吸困难等异常症状，应立即停止用药并联系主治定期复查可及时调整注射方案，孕妇、哺乳期妇女及重症肌无力患者禁用肉毒素治疗。