自体毛发移植过程中会有轻微疼痛感，但多数情况下可以耐受。手术通常在局部麻醉下进行，麻醉起效后疼痛感明显减轻。
毛发移植的疼痛主要来源于麻醉注射和术后恢复阶段。麻醉注射时会有短暂针刺感，类似打针的疼痛程度。麻醉药物起效后，术中操作区域基本无痛感，患者仅能感知器械接触或牵拉感。术后麻醉消退后，供区取发部位可能出现胀痛，程度与个人耐受力相关，一般持续1-3天。植发区因神经末梢较少，疼痛感相对更轻微。医生通常会开具止痛药物帮助缓解不适。
极少数情况下可能出现明显疼痛，包括对麻醉药物不敏感者、术中意外损伤神经末梢或术后发生感染。这类情况需及时联系医生处理。疼痛敏感体质者术前可与医生沟通，采用更缓和的麻醉方式或辅助镇痛措施。术中保持放松状态也能显著降低疼痛感知。
术后应避免抓挠移植区，保持伤口清洁干燥，按医嘱使用抗生素软膏如莫匹罗星软膏预防感染。饮食宜清淡，避免辛辣刺激食物。术后3天内睡眠时可垫高头部减轻肿胀。若出现持续剧烈疼痛、红肿渗液等异常情况，需立即复诊排查并发症。