使用牙线一般没有明显坏处，但操作不当可能造成牙龈损伤或牙齿间隙异常。正确使用牙线是口腔清洁的重要辅助手段，可有效清除牙缝中的食物残渣和牙菌斑。
牙线使用不当可能因用力过猛或手法错误导致牙龈出血甚至牙龈萎缩。部分人群初次使用牙线时可能出现轻微不适感，这通常与牙龈敏感有关。选择表面光滑的牙线产品，配合轻柔的上下滑动而非横向拉扯，可降低机械刺激风险。对于牙缝较紧者，建议选用细径牙线或膨胀型牙线，避免强行塞入造成牙釉质磨损。
特殊口腔条件下使用牙线需谨慎。存在严重牙周炎时，牙龈组织脆弱易受损，应在医生指导下使用。安装固定矫治器或种植牙的患者，需选用专用牙线工具。牙齿排列异常如扭转牙、重叠牙等情况，普通牙线难以完全贴合牙面，可能遗留清洁死角。这类情况可配合冲牙器或牙间隙刷进行补充清洁。
日常口腔护理应将牙线与刷牙结合，建议每天使用一次牙线，重点清洁后牙区等牙刷难以触及的部位。使用后出现持续出血或疼痛应暂停使用并就医检查。定期口腔检查能及时发现因清洁工具使用不当引发的牙龈问题，医生可根据个体口腔状况推荐更适合的清洁工具组合。