自体皮瓣乳房再造的主要缺点包括手术创伤较大、恢复周期较长、供区并发症风险、皮瓣存活不确定性以及可能影响供区功能。该手术需从腹部或背部等部位切取组织，可能造成供区瘢痕、疼痛或功能障碍。
1、手术创伤
自体皮瓣乳房再造需进行供区组织切取和乳房部位重建两次手术操作，术中剥离范围较广，可能导致术中出血量增加。术后早期可能出现供区与受区肿胀、淤血等情况，部分患者需留置引流管数日。相比假体植入术，该术式对机体造成的创伤更为显著。
2、恢复周期
由于涉及供区伤口愈合和皮瓣血运重建，完全恢复通常需要3-6个月。术后前两周需严格限制上肢活动，6-8周内避免提重物。部分患者可能出现皮瓣水肿持续数月的情况，需穿戴弹力塑身衣辅助恢复，影响日常生活和工作安排。
3、供区并发症
腹部皮瓣取材可能引发腹壁薄弱、切口疝等并发症，发生率约5-10%。背部皮瓣取材可能导致肩关节活动受限或感觉异常。供区瘢痕增生、慢性疼痛等问题可能持续存在，部分患者需二次手术修复供区功能障碍。
4、皮瓣存活风险
尽管现代显微外科技术成熟，皮瓣血管危象导致部分或完全坏死的概率仍有2-5%。肥胖、吸烟、糖尿病患者风险更高。一旦发生坏死需紧急手术清除，并可能影响后续再造方案选择，增加患者心理负担。
5、功能影响
腹直肌皮瓣取材可能削弱核心肌群力量，影响弯腰、提拉等动作。部分患者术后出现长期腹部僵硬感或不对称。背部皮瓣可能改变肩胛区力学结构，对某些职业如运动员、舞蹈演员等功能要求较高者需谨慎评估。
术后需保持伤口清洁干燥，遵医嘱穿戴医用塑身衣6-12周以减轻肿胀。避免吸烟及接触二手烟，控制血糖血压稳定。恢复期应循序渐进进行上肢功能锻炼，定期复查皮瓣血运情况。均衡摄入优质蛋白和维生素C促进组织修复，如出现皮瓣变色、剧烈疼痛需立即就医。长期随访中需关注供区功能代偿情况，必要时进行康复训练。